日本へのチュウゴクオオサンショウウオの移入は、1970年代ころから始まったと言われています。日本のオオサンショウウオは保護対象となっていたので、食用にするために業者が中国から持ち込み、それをしっかり管理できずに、国内の河川に逃がしてしまい、そこから繁殖していったと考えられています。チュウゴクオオサンショウウオは日本のオオサンショウウオより強いため、交雑化が進みました。オオサンショウウオの繁殖の仕方の特徴のために、棲み分けることにはならず、交雑が進んでしまい、このまま放置すると在来のオオサンショウウオはいなくなってしまうと懸念されています。2024年7月に、チュウゴクオオサンショウウオと交雑個体は、特定外来生物に指定され、輸入、放出、飼養等、譲渡し等が禁止されることになりました。そして今後、それらを捕獲・隔離・処分（殺処分など）が進められることになっています（ただちに実行されるわけではないですが）。ただし、現在は世界的に見るとチュウゴクオオサンショウウオの方が、日本のオオサンショウウオより希少性が高い（中国ではオオサンショウウオを家畜化しているので野生のオオサンショウウオがとても稀な存在になっています）ので、日本で捕獲したチュウゴクオオサンショウウオを繁殖させて、チュウゴクオオサンショウウオの固有性を守る試みもなされようとしています。